Muğla ilinin % 77’si dağlar, % 12’si platolar ve % 11’i ovalarla kaplıdır. Akdeniz ve Ege Denizinde sâhilleri bulunan Muğla’nın kıyıları dünyânın en girintili ve çıkıntılı yerlerinden biridir. Bu kıyılarda pekçok körfez, koy, yarımada ve irili ufaklı ada vardır.

Dağlar: Muğla ili dağlık bir bölgedir. Dağ ve platolar ilin % 89’unu kaplar. Dağ ve platoların yapısı kalkerdir. Başlıca dağları Göktepe (2234 m), Marçal Dağları (1368 m), Akdağlar (3014 m), Çiçekbağı Dağı (2295 m), Bozdağ (1175 m), Laba Dağı (1073 m), Oyluk Dağı (1892 m), Menteşe ve Beşparmak dağlarıdır.

Ovalar: İlin % 11’ini teşkil eden ovaların çoğu akarsuların dağlık araziyi aşındırarak meydana getirdiği ovalardır. Başlıca ovalar şunlardır:

Yatağan, Bozöyük, Leyne, Dalaman, Ortaça, Dalyan, Kumlu, Bayat, Pisiköy, Yaşyer, Tekfuranbarı, Bitez, Akçaalan, Kara, Milas, Ören, Varvil, Kızılkaya, Gök, Muğla, Dirgene, Gülağzı, Yerkesik ve Ula.

Akarsular: Dalaman Çayı; Burdur ilinden çıkar, Denizli iline geçer. Acıpayam yakınında Sandras Dağlarından birçok dereyi alarak Muğla’ya girer. Dalaman Ovasını sular. Sarısu yakınlarında sığ bir bataklık yaparak denize dökülür. Suyu boldur. Muğla içindeki uzunluğu 60 km’dir. Eşen Çayı: Akdağlar’dan çıkar ve Seki Yaylasından sonra güneye akar. Antalya sınırına yakın bir yerde Akdeniz’e dökülür. Namman Çayı; Ula ilçesinden çıkar, uzunluğu 30 km’dir. Köyceğiz Gölüne dökülür. Ayrıca Sarıçay, Varvil Çayı, Çine Suyu (Büyük Menderes’e karışır) veAkçay’ın yukarı kolları diğer akarsulardır.

Göller: Muğla’nın 4 tabiî gölü vardır. Köyceğiz Gölü: Kıyıya yakın olan bu göl tabiî güzellikleriyle meşhurdur. Yüzölçümü 65 km2, derinliği 1,5-5 m arasında değişir. Dar bir boğazla Akdeniz’e bağlıdır. Denizde sular kabarınca deniz suyu bu göle gelir. Fazla sular kanalla denize dökülür. Eski çağlarda zelzele ile çöken binâlar hâlen gölün dibinde olup, damları su yüzeyinden görünmektedir. Gölde başta kefal olmak üzere bol balık bulunur. Bafa Gölü: Muğla-Aydın sınırı üzerindedir. Yüzölçümü 65 km2dir. 28 km2si Muğla’ya âittir. Balık bakımından çok zengin bir göldür. Denizcik Gölü: Krater gölüdür. Yüzölçümü 4 km2 ve derinliği 18-24 m’dir. Milas yakınındadır. Hacat Gölü; Milas yakınında Sarıçay ağzında eski bir koyun bu çay tarafından ağzının kapatılması ile meydana gelmiştir. Denize dar bir boğazla bağlıdır. Kışın artan sular boğaz vâsıtasıyla denize dökülür. Derinliği 1,5 m’dir.